Kroz povijest su,prije konačnog nastanka instrumenta sličnog današnjem, orgulje imale razne pretke. Ti instrumenti su bili izrazito svjetovnog obilježja. Nama jedan od najpoznatijih su gajde.
Biblija spominje da je hebrejskoj Novoj sinagogi, još u 6.st.pr.Kr. postojao golem instrument zvan magrefa, koji je mogao biti neka vrsta orgulja, i koji je na tom mjestu morao služiti u religiozno-obrednim činovima. Međutim, za izumitelja se smatra Ctesibius, Grk iz Aleksandrije, koji je u 3.st.pr.Kr. načinio instrument nazvan organon hydraulicon-hidraulične orgulje, jer se u njemu ravnomjeran pritisak zraka održavao pomoću vodenog pritiska. Najprije se, ručnim pumpama, zrak sabija u tzv.pnigeus(polusfernu komoru urunjenu u veći rezervoar, koji je donekle ispunjen vodom). Vodena masa u tom rezervoaru je imala ulogu da odozdo potiskuje stlačeni zrak, koji dalje struji u glavno spremište ispod svirala, tzv. arkula(kasnije kancela), te da ga drži pod stalnim pritiskom i kada njegov priljev iz pumpe povremeno prestane. Umjesto ventila, prolaz u cijevi zatvarala je pomična pregrada s prorezima. Kada se ona postavi tako da se prorezi podudre s odgovarajućim otvorom na arkuli i na dnu cijevi, zrak prodire i proizvodi zvuk.
Hidraulične su orgulje ponajviše prihvatili Rimljani, gradeći ih u velikim dimenzijama, već sa po desetak nizova cijevi(budućih registara) i sa izuzetno snažnim zvukom. Po nekim starim zapisima, taj se zvuk mogao čuti i do 60 milja udaljenosti,a svirač i njegovi pomočnici su morali začepljivati uši da ne bi oštetili sluh. Ovo je donekle objašnjivo tadašnjom primjenom orgulja na otvorenom prostoru za uveličavanje svetkovina. Nakon propasti Rimskoga carstva orgulja su se u zapadnoj Europi neko vrijeme izgubile te se ponovno javljaju tek 757. u franačkoj državi,a 880.u papinskom Rimu,gdje su postepeno zauzimale sve istaknutije mjesto u crkvenim obredima. U međuvremenu se o hidrauličnog sustava prešlo na napajanje iz mjehova. Pisanih podataka o tome ima već oko 120.god., a prvi likovni prikaz orgulja s mjehovima se nalazi na jednom obelisku u Istambulu iz 4.st. s druge strane su se hidraulične orgulje zadržale sve do 6.st.
Traktura starih orulja je bila zadugo veoma glomazna i teško pokretljiva,tipke su bile široke i masivne, pošto je pokretanje unutrašnjeg mehanizma zahtijevalo značajnu snagu, pa se se one pritiskale pesnicom ili ručnim zglobom i morale prilagođavati niže čak za cijeli stepen. U to vrijeme se njihova uloga svodila na davanje i održavanje intonacije zbora, te eventualno na jednostavnu pratnju zborskih glasova unisono,dok o nekom samostalnom muziciranju nije bilo ni govora. Ipak,već u 10.st.grade se i prilično velike orgulje. Jedan od najboljih primjera su Winchesterske orgulje(oko 950.god). imaju dva manuala sa po 20 tipki, i oko 400 cijevi kao i 26 mjehova. Svakim manualom jerukovao poseban svirač,dok je 70 sluga nogama pokretalo mjehove.
Vremenom se , uz usavršavanje mehanike, razlikuju dva tipa orgulja, tzv.pozitiv-veće i utvrđene na jednom mjestu(kasnije će taj naziv ostati za male orgulje bez pedala),i tzv.portativ-sasvim male i prijenosne, uglavnom za kućnu upotrebu ili za nošenje u crkvenim procesijama.
Zadugo su na svim tipovima orgulja cijevi bile isključivo labijalne, što je i razumljivo s obzirom na tehnički jednostavniju građu. Tek su se u 15.st.počele graditi i primjenjivati cijevi lingvalnog tipa,pa se pojavljuje poseban vid orguljskog instrumenta nazvan regal, opremljen isključivi lingvalnim cijevima ili čak samo kanalima u kojima su smješteni metalni jezičci.
Izum orguljskog pedala se pripisuje Louisu van Vaalbecksu iz Brabanta,početkom 14.st., premda po drugim izvorima zasluga za to pripada venecijanskom orguljašu Bernhardu(tek oko 1470.). U svakom slučaju,prvobitni pedal je bio bitno drugčiji. Naime, noge su se,umjesto da pritiskaju tipku, vezale za neku vrstu stremena i povlačile ih nadolje. Pedal je obuhvaćao samo osam tonova i nije imao posebne cijevi već se vezao za manual. Posebni pedalni registri su uvedeni tek u 16.st. ali je njihov tonski niz zadugo ostao nepotpun,sa najnižom oktavom skraćenom(slomljenom/njem.gebrochen/),na osobit način,bez hromatskih tonova. Čak i Zilberman, u 18.st. još izostavlja tipku za najniže C#. I kada je pedal dobio vid klavijature,njena građa je bila dosta primitivna i gruba. Tipke su bile sasvim kratke,tako da su se, još i u Bachovo vrijeme,mogle pritiskati samo prstima. Utoliko je morala biti veća spretnost orguljaša, da bi uspješno izvodio katkad vrlo složene i brze pokrete pedalne dionice, kakvi se mogu naći u Bachovim djelima i djelima drugih autora razvijemog baroknog stila.
Broj i raznovrsnost orguljskih registara razvijeli su se usporedno. U početku su se pojedini registri razlikovali uglavnom po jačini zvuka, a ne i po boji, jer se tek postepeno stvaralo iskustvo o mogućem variranju tonske boje pomoću raznolikog oblikovanja i građe cijevi, a u okviru toga je uvođenje lingvalnih cijevi bilo osobito značajno. Od 19. st.pa do danas orgulje su uveliko napredovale što se tiče trakture orgulja,no s obzirom da je ona od velike tehnološke važnosti,njen razvoj je opisan u razradi teme. U novije doba, glazba, kao i svi vidovi ljudskog života prati rapidni tehnološki razvitak,tako da se u posljednjih 100 godina razvila ne samo kvaliteta zvuka modernih instrumenta koji su ugrađeni i održavani kvalitetnim instrumentima,več je tehnologija otišla toliko daleko da se može sintetizirati zvuk bilo kojeg instrumenta. Tako su široku upotrebu našle i električne orgulje,koje zauzimaju malo prostora,ekonomičnije su imaju potencijalno neogrničene kolorističke i dinmamičke mogućnosti. Pa,ipak mnogi smatraju-s pravom-da je veličanstvena i upečatljiva zvučnost pravih orgulja ipak neusporediva i nezamijenjiva.
